甯忠所率的三万大军，在静冈富士山登陆后直接西进破静冈城。
而耿瓛所率领的东路大军计五万余人一路北上，冈崎、滨松相继落入手中。然后和甯忠合兵一处，然后等到铁青山率四万大军拿下松本、府中之后。三路大军已经对镰仓地区形成了包围之势，大军所过之处，为了保证大军的行踪不被泄露，几乎杀的是寸草不生，人烟皆灭。
所遇到的百姓，如果不在第一时间选择做顺民或者良民，那么等待他们的就只有一个结局，由大明水师运往四国岛流放。没有粮食和生产工具的流放，下场只有一个，那就是死。
其实攻击这么快捷和凶猛，是大明将士们没有想到的，中间足利幕府的命令也算是帮了一个忙，本州岛大部分是足利家族的天下，为了保证天皇的安全，足利义持下令据城死守，拖延大明军队的步伐。
而沿途各城也坚决的执行了一项最愚蠢的命令，偏偏城池简陋矮小，防御措施更是不堪一击，更是没有防御炮火的措施。往往只是攻击方的两轮火炮，就可以造成一半的日本士卒的丧亡。
战争朝一面倒的态势倾向于大明军队，要不是顾忌朝中大臣们的弹劾，恐怕征战的步伐会更快一点，方明谦此时才感到皇上的先见之明，此次征日，所派遣的大部分是江南和山东沿海地区的士卒，而没有调遣内地大军，经过许多年倭寇的滋扰，对于日本有着一种先天的恨意，这种恨意一旦转化到战争里面，不可避免的就会成了无所披靡的战斗力。
见到如此形势，足利义持大恐，四处派出斥候查询出路，才发现自己已经被团团包围，只有海上一途可以逃出。明军明显的是不给日本留下半寸容身之地。
但是又不知道海外还有没有大明水师的战船，但是已经没有思索的余地，为了天皇的安全，已经将其转移到了身后的江户境内的海边之上，在那里有着新建设的天皇行宫。
其实在江户、镰仓附近守军约还有近八万人。足利义持想到应该还有一拼之力。不过甯忠所部率领大军于川崎向北插进，先取川崎，再北上迂回江户的下町平民区将其围住。耿瓛所率的军队沿武藏境内直趋山之手区域。
铁青山所领的近四万人攻克岩村、布川之后，进据小金城，其手下攻克佐仓城，陈兵于海边，江户此时还不是另一个时空的东京所在，所以防御措施本来就很少，经不得大明将士的冲杀。
三面大军已经成合围之势，但是耿瓛继承其父的性格稳健，步步为营，对镰仓、江户地区形成包围之势后，就暂时停顿，蓄势待发。
七天后，江户外围要地尽失，于是环城防卫战开始。三日后清晨攻陷城西南之山之手。当日下午，一直强势的足利义持终于按捺不住，召集诸侯大名宣布撤退。
足利义持声泪俱下的恳请诸国守护全力护佑天皇的安全，集中所有的船只，不顾一切卫护天皇船队先出内海，往虾夷等待勤王之师。
天皇带走所有船只，剩下的日本军队则作为佯兵，只能由武藏境内北上从下野杀出，迅速进入山中；而足利义持为了表示对天皇的忠诚，愿意率领亲信和家族武士。沿佐仓方向往东潜入江户崎，然后再到矢作，然后再到海边，从哪里整顿后，在渡海往虾夷会合天皇。
事情本来到了这里，日本的败亡已经无可挽回，可就是在正统的事情上，两派又发生了争执，今川了俊和大内盛见坚决要求向大明投诚，因为虾夷此时还是荒无人烟的雪山岛屿，那里有些居民，但也是没有开化的蛮人。而且虾夷一年四季都是天寒地冻，冷多暖少。甚至都没有种植过庄稼，发展空间太少，在那里，经过大明水师的围困，还是会全军覆没。
不如向大明表示忠诚，以自诩为天朝上国的高傲，说不定可以保存部分国土，届时忍辱负重，待到大明不提防的时候，东山再起。还有复国的希望。而到了虾夷之后，如果明军再步步紧逼，还能逃向那里呢？
而足利义满死之前，已经看透了大明的心思，知道大明此次为灭国而来，所以不抱任何侥幸，已经出家的足利义满，在临死之前，认为是大和民族的报应，也是多年来侵犯大明沿海的恶果，所以告诫足利义持，投诚不会是权宜之计，而是会导致大明皇帝的轻视，让其一定不要放弃任何机会，而且，足利义满那时才有些后悔拒绝朱棣的邀请。
足利义持得到父亲的嘱托后，最后一步，决定到了虾夷之后，立即按照足利义满的计划，往萨哈林岛寻求陆地的立足，坚忍之后再图计划。所以坚决不同意大内盛见和今川了俊的计划。
争执之下，两派不欢而散。各自准备自己的计划。
九月初五，大明攻占镰仓，直逼江户。足利幕府的家族武士在东京外围与大明军队多次进行激战，但未能阻挡征日大军的多路攻击。
九月初八，大内盛见、今川了俊代表后龟山天皇表示愿意臣服，而此时正是后龟山天皇名誉上的执政期间，他们的表示臣服，代表着日本的灭亡。
九月初九，足利幕府集合所有船只，携带日本皇室成员计二千余人，还有幕府武士大约万余，各诸侯强行占据百姓船只，然后随之出内海往北而去。其余抢不到船只的，或者随后龟山天皇投诚，或者是遁入山林，企图通过大军封锁，去寻觅足利义持所描述的过海往虾夷的地点。
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